Медицинские специалисты, которые проводят вакцинацию от COVID-19, вносят данные о пациенте и введенном препарате в регистр вакцинированного. Его оператором является Минздрав России. После получения порталом Госуслуг данных о введении второго компонента электронный сертификат вакцинированного формируется в автоматическом режиме и направляется в личный кабинет пользователя. Другой возможности сформировать документ не существует. 

Таким образом, портал Госуслуг является витриной для отображения данных о вакцинации, которые формируются на стороне министерства здравоохранения. 

Задать вопрос по оформлению, получению и исправлению сертификатов, направить жалобу можно через Госуслуги.

Источник:
Портал Министерства цифрового развития,
связи и массовых коммуникаций Российской Федерации
https://digital.gov.ru/ru/events/41118/